Nel 1865, in seguito all'approvazione del Codice della Marina Mercantile, nacque il Corpo delle Capitanerie di porto, un'Istituzione con funzioni principalmente amministrative che si sono ampliate nel corso degli anni.
All'ultimo decennio del 1800 risale la prima testimonianza di una struttura idonea ad ospitare la sede della Capitaneria di porto in ambito portuale. Il primo edificio, sede degli Uffici compartimentali di Genova fu eretto nel tratto terminale di Ponte Morosini dinnanzi al grande magazzino di stoccaggio dei Docks vinicoli.