Sin dai primi giorni successivi all'armistizio, Carrega Ligure e l'area ad essa circostante, diventa rifugio per molti sbandati e, ben presto, sede delle prime bande partigiane operanti sull'appennino ligure-piemontese.
Centro nevralgico della resistenza in VI Zona operativa, Carrega Ligure diventa, nel settembre del 1944, sede del Comando Zona e punto di riferimento per le missioni alleate paracadutate nell'area.
Nella frazione di Capanne, prossima al confine con la Liguria, presso l'osteria del "Driulin" ebbe luogo la riunione del 23 settembre 1944 durante la quale furono formalmente sancita la riorganizzazione della VI Zona operativa e dei suoi vertici militari.
La frazione di San Clemente, poco distante dal valico di San Fermo, fu oggetto di ripetute puntate nazifasciste che portarono dapprima al saccheggio dell'abitato (27 novembre 1944) e al suo incendio (14 dicembre 1944), per poi giungere alla decisione tedesca di radere al suolo l'intera frazione nel gennaio del 1945.