Con l'avvento del fascismo vi furono ulteriori cambiamenti in accordo con la politica di accentramento riorganizzativo dell'amministrazione. Alla fine del 1922 il consiglio di amministrazione fu sciolto e la carica di amministratore generale soppressa. Un successivo regio decreto del 4 gennaio 1923 portò alla nomina del commissario straordinario, Edoardo Torre, le cui deliberazioni coprono il periodo fino al 30 aprile 1924. Il 1º maggio 1924, con la legge n. 596, fu istituito il ministero delle Comunicazioni comprendente ferrovie, poste e telegrafi e marina mercantile, a capo del quale venne posto Costanzo Ciano. A seguito di ciò, Torre venne destituito. Con il successivo regio decreto n. 863, del 22 maggio 1924 fu ricostituito il consiglio di amministrazione, ma solo con funzioni consultive e sotto la presidenza del ministro delle Comunicazioni, il quale venne formato da dieci membri e senza rappresentanti del personale; venne anche ripristinata la carica di direttore generale. Dopo l'8 settembre 1943, essendo l'Italia divisa, si procedette alla separazione territoriale e amministrativa della rete ferroviaria. Furono create due direzioni: a Salerno, per le zone occupate dagli alleati, e a Verona, per la Repubblica Sociale, con un'organizzazione molto simile a quella originaria. All'inizio del 1944 fu sospesa, in via provvisoria, la normativa relativa al funzionamento del consiglio di amministrazione e il ministro delle Comunicazioni assunse anche le funzioni di direttore generale. A fine anno venne operata la scissione del Ministero delle Comunicazioni in Ministero dei Trasporti, comprendente anche la Direzione generale delle Ferrovie dello Stato, e in quello delle Poste e Comunicazioni. Il 20 agosto 1945 venne ricomposto il consiglio di amministrazione costituito da dodici membri, ripristinandone le attribuzioni anteguerra; la rinata azienda ferroviaria viene denominata Azienda Autonoma delle Ferrovie dello Stato.