Benché a Genova le contrattazioni sui titoli di credito, tipicamente sui "luoghi" del Banco San Giorgio, avvenissero da secoli sotto la Loggia di Piazza Banchi, il ceto mercantile locale si oppose lungamente all'introduzione di un mercato regolamentato nella città ligure. Tuttavia, già nel 1842 i bollettini indicavano la quotazione di titoli azionari.
La borsa valori di Genova venne istituita solo nel 1855 su iniziativa di Cavour, che voleva modernizzare l'economia del Regno di Sardegna. La sede fu inizialmente posta nel Palazzo Senarega, ma spesso gli operatori tornavano a riunirsi nell'attigua Loggia di Banchi, così nel 1859 la Borsa fu riportata nella sua sede storica.
Al momento dell'Unità d'Italia la borsa di Genova era di gran lunga la più importante del nuovo regno, e tale rimase fino alla fine del secolo. L'industrializzazione dell'età giolittiana, tuttavia, riguardò soprattutto Milano ed il Piemonte, mentre declinò l'"aristocrazia" bancaria ligure e toscana, legata a quella francese, che aveva finanziato il periodo postunitaria.
Nei primi anni del Novecento la borsa genovese mostrò, infatti, dei segnali di crisi. Nel novembre 1906, in particolare, si verificò una speculazione sulle azioni della Terni, che non poté essere ripagata, lasciando gli operatori in affanno. Questo episodio seminò il panico nella borsa ligure e anche in altre piazze italiane.
La crisi economica del 1907 in Italia ebbe come epicentro proprio la Borsa di Genova. In conseguenza di quella crisi, fra il 1909 ed il 1911, la Borsa di Milano divenne la più importante d'Italia.
Nel 1912 fu inaugurata la nuova sede che domina piazza De Ferrari, tuttora chiamata Palazzo della Borsa.
Nel dopoguerra la Borsa di Genova si collocò abbastanza stabilmente al quarto posto fra le borse italiane, dopo Milano, Roma e Torino. La Borsa di Genova, come le altre borse cittadine italiane, fu chiusa nel 1997, quando il cosiddetto "decreto EuroSIM" (D. Lgs. 23 luglio 1996, n. 415) ne determinò la fusione nell'unica Borsa Italiana.