Dopo la trasformazione istituzionale del 1853 le Opere amministrate dalla nuova Direzione delle Opere Pie di san paolo erano quelle ereditate dalla Compagnia di san Paolo : l’Ufficio pio; il Soccorso e il Deposito, di fatto unificati e trasformati da tempo in un istituto educativo femminile, che avrebbe successivamente (1883) assunto il nome di Educatorio Duchessa Isabella; il Monte di pietà, dal 1927 suddiviso in Azienda del credito e Azienda del pegno; gli Esercizi spirituali, di lì a poco soppressi. Ad esse si sarebbe aggiunto nel 1866 il Credito fondiario. Anche dopo la trasformazione in istituto di credito di diritto pubblico, nel 1932, Ufficio pio, Educatorio Duchessa Isabella e Credito fondiario mantennero contabilità e bilanci separati.
L’amministrazione delle Opere era demandata ad apposite commissioni permanenti, elette in seno al consiglio direttivo; mentre la loro gestione invece era unica, affidata agli uffici centralizzati dell’Istituto: Segreteria, Ragioneria, Legale ecc. Nei regolamenti sulla tenuta degli archivi (tra il 1872 e il 1932) convivono e si alternano il criterio dell’archiviazione in base all’ufficio produttore e quello in base all’Opera. Nell’attuale riordino è stato scelto di rispettare in linea di massima il criterio di suddivisione per ente, previsto dall’ordine di servizio del 1913.